Основной модификацией джипа «Москвич» стал автомобиль с закрытым цельнометаллическим кузовом, максимально унифицированный с базовой открытой моделью. Он представлял собой компактный универсал с открывающейся влево торцевой дверью, как у М-423. Именно «Москвич-416» первым получил расположенное на правом борту запасное колесо  необычное решение, впоследствии примененное на джипах 70-х годов М-415С и М-2150. У базового М-415 запаска стояла традиционно на заднем борту. Если базовая открытая модель была выпущена в подготовку к производству, то М-416  нет. Один экземпляр джипа с закрытым кузовом служил в подсобном хозяйстве АЗЛК до 80-х годов. Он сохранился до наших дней в комплектном виде.